Размеры багажного отделения увеличились и сейчас составляют 963 мм (с не сложенными задними сиденьями), а со сложенными сиденьями размеры багажника составляют 1433 мм (полная длина). Стандартная емкость багажника (с не сложенными сиденьями) составляет 556 л (VDA) и поднимается до 955 л при полностью сложенных сиденьях (измеряется по уровню окон).

Ширина багажника составляет 1402 мм (1064 мм между колесными арками), так что в багажник под полкой легко поместится прогулочная коляска или сумка с клюшками для гольфа. Вместе с тем, на полке можно разместить другие вещи. Когда задние сиденья сложены полностью, в багажном отделении можно разместить четыре больших чемодана (вертикально). В этом же случае в багажном отделении легко размещаются два горных велосипеда (с колесом 26 дюймов), с которых даже не нужно снимать передние колеса. Это наилучшим образом демонстрирует просторность багажного отделения новой модели CR-V.

Дополнительная безопасность обеспечивается с помощью двойной шторки. Задняя шторка цельная, а передняя открывается и разделена на три секции, как и спинка заднего сиденья. Каждая секция шторки крепится к соответствующему подголовнику.