Безопасность обеспечивается фирменной системой стабилизации компании Honda - Vehicle Stability System (VSA), которой оборудованы все автомобили. Система разработана для того, чтобы оказывать водителю помощь в сохранении контроля над автомобилем при поворотах, ускорении и неожиданных маневрах. Это осуществляется благодаря применению в случае необходимости экстренного торможения на правые или левые колеса, а также при помощи регулирования подачи топлива. Система VSA дополняет систему полного привода Real Time 4WD.

Новая модель также укомплектована системой стабилизации прицепа - Trailer Stability System (TSA). Система использует комбинацию небольшого крутящего момента двигателя и торможения для того, чтобы автомобиль мог снизить скорость до более безопасного и стабильного уровня в случае, если при движении прицеп стало заносить.

Пассивные меры безопасности включают в себя передние вспомогательные подушки безопасности, раскрывающиеся в 2 этапа, боковые подушки безопасности для впереди сидящих пассажиров, боковые шторки по всей длине автомобиля, а также стандартные ремни безопасности для передних и задних пассажиров и управляемые подголовники для передних пассажиров.

На задних сидениях предусмотрены пять креплений системы ISOFIX. Это означает, что можно установить либо два детских кресла на боковых секциях заднего сиденья, либо одно - на центральной секции. Также, поскольку задние сидения можно двигать, один из родителей может дотянуться до ребенка, сидящего сзади, придвинув к себе его сиденье. Также в новой модели предусмотрено так называемое "разговорное" зеркало, которое позволяет переговариваться с пассажирами на заднем сиденье, не поворачиваясь к ним. Помимо этого зеркало позволяет родителям следить за детьми на заднем сиденье. Зеркало находится в очечнике - его просто нужно наполовину открыть. Это зеркало является стандартным оборудованием для комплектаций Elegance и Executive.

Предыдущие модели CR-V установили новые стандарты безопасности, и новая модель поддерживает эти стандарты, используя последние технологии в области безопасности. Так же, как и в последних моделях, в новой модели используются передовые технологии совместимости элементов конструкции (ACE), которые обладают великолепными характеристиками, обеспечивающими безопасность при столкновении. Многогранная структура подрамника снижает вероятность возникновения смещения кузова, а верхние и нижние направляющие поглощают энергию и обеспечивают ее оптимальное распределение.