Ассортимент двигателей модели Fabia Combi идентичен ассортименту двигателей модели в исполнении хэтчбек.

В России для новой модели Fabia Combi можно выбрать один из четырёх бензиновых двигателей, мощность которых составляет от 60 л.с. 105 л.с. Ни один из двигателей не привязан к определенной версии оснащения. Как и в модели Fabia в кузове хэтчбек, оснащение самого высокого уровня может комбинироваться с базовым двигателем, а базовое оснащение - с самым мощным двигателем. Бензиновые двигатели предназначены для работы с бензином высокого качества (95), но могут без каких-либо проблем работать на стандартном бензине (91). В данном случае мощность снижается незначительно.

Оптимизированные экономичные трехцилиндровые бензиновые двигатели объемом 1,2 л обладают повышенной мощностью 60 л. с. и 70 л. с и увеличенным крутящим моментом. Современные алюминиевые моторами с цепным приводом распределительных валов характеризуются низким расходом топлива и малым внутренним трением. Благодаря этому новая модель Fabia достигает отличного ускорения и максимальной скорости 156 км/ч и 164 км/ч соответственно. Оба двигателя выполняют требования Euro-4, для рынков с низким качеством топлива будут предложены двигатели специального исполнения для надежной эксплуатации.

Большая плавность хода и низкий уровень шума являются отличительными признаками бензиновых двигателей с объемом 1,4 л и мощностью 86 л. с. Двигатель достигает сравнительно высокого крутящего момента в 132 Нм при числе оборотов всего 3 800 мин-1. Это позволяет модели Fabia Combi развивать скорость 175 км/ч и разгоняться до 100 км/ч за 12,7 с. Расход топлива составляет 6,5 л на 100 км.

Самый мощный новый алюминиевый бензиновый двигатель объемом 1,6 л и мощностью 105 л.с. привлекает крутящим моментом 153 Нм при числе оборотов всего 3800 мин-1. Расход топлива составляет 6,9 л бензина на 100 км. Максимальная скорость достигает 192 км/ч и двигатель разгоняет новую модель Fabia Combi до 100 км/ч за 10,4 с.

Все автомобили Fabia Combi оснащены ручными пятиступенчатыми коробками передач. Они обладают точной кулисой переключения передач, которая исключает ошибки при изменении передаточного числа. Имеющая приятную форму ручка на коротком рычаге переключения передач удобно помещается в руке, расстояния при переключении передач очень малы. По желанию имеется шестиступенчатая автоматическая коробка передач для самого мощного бензинового двигателя. Наряду с обычными функциями, данная КП оснащена модулем Tiptronic, который дает возможность ручного переключения передач.